经历了企业并购双方的谈判、对抗与合作，到第三阶段，即并购后企业的战略整合阶段时，并购工作在形式上已经完成，最艰难的并购过程已经基本上度过，新的企业诞生并开始运转，然而，这并不意味着并购就结束了或者说胜利了，因为一切还才开始，并购后形成的新的企业还要面临许多新的挑战和风险，具体来讲，主要包括以下几个方面：
一是战略协同风险。企业战略是企业根据对内外环境的各种制约因素、有利条件等方面的分析，从全局出发制定的较长时期内企业发展所要达到的目标。面对并购后企业内外部条件发生的变化，要保持企业与外部环境的动态平衡，必须对并购企业双方的总体战略进行整合，把目标公司目前运行状况及正在出现的新机会和潜在威胁纳入战略调整的考虑之内。否则，会因双方战略的不匹配性导致并购后的企业经营范围过宽或过窄，影响企业的价值创造，导致企业目标模糊，经营方向迷失，企业的资源分散，并最终影响企业的利润，致使企业失去竞争优势。
二是财务协同风险。财务管理是公司管理体系的核心，财务整合是发挥企来并购的“财务协同效应”的前提，是实现并购目标的重要保障。同时，企业并购需要大量的资金，并购决策会同时对企业资金规模和资金结构产生重大影响。只有通过成功的财务整合，才能使并购后的企业集团获得最大限度的目标利润，实现企业内部的资源优化配置，给企业带来“财务协同效应”；才能使并购方对被并购方实施有效控制，保证并购战略意图如期实现。因此，并购企业必须不失时机地做好财务整合工作。
三是组织机构协同风险。组织机构的协同就是根据企业战略目标的需要，通过重新设计企业的组织结构，改变原有的经营管理模式，在有效的分工基础上达到各职位、各部门、各层次的协调运转(陈浩、屠文娟，2004)。企业的并购必然要求企业组织结构进行相应的调整，以实现企业组织结构的相互协同，如果不能实现这一目标，并购后的企业运转效率就可能因此而受到影响，从而导致组织协同风险的出现。
四是人力资源协同风险。在企业的生产要素中，最重要因素的不仅包括资金，还包括人力资本，人力资本由于具有能动性和不确定性，决定了它很容易在并购过程中发生变异，这种变异包括通用人力资本资源和独特人力资本资源在并购中的转移，也包括因各种激励措施的变化、企业组织结构的破坏等导致人力资本价值的变化。人力资本价值的变化必然影响未来企业的收益，从而降低了并购成功的可能性，产生了人员协同风险。
五是资产协同风险。资本的本性是追逐利润，企业并购的终极目的是要实现对目标企业资产的带动，如果不能实现对目标企业的带动作用，并购就会是失败的，或者说并购后企业的资产就将是失效的。在我国的经济体制条件下，政府或隐或现地在企业并购中扮演着十分重要的角色，稳定、就业、政绩等因素在政府决策中会优先于企业自身的利益，有很多的并购变成了扶贫工作、安抚工作，没能遵循市场经济规律，元法实现组合优势，不仅无法挽救原有失效资产，反而拖垮了优良资产，造成新的资源浪费。
六是文化协同风险。文化整合的任务是要使来自两个不同企业的员工的文化相互融合为一个优秀的整体，消除原来分属两个不同企业的文化鸿沟。企业并购的文化整合风险，主要表现在主并购者和被并购者之间的文化差距、文化对立以及两种文化融合的阻力。即取决于三个主要的方面：两个企业不同文化类型的整合难度；企业中主文化与分支机构亚文化的整合难度；企业决策者所采用的整合模式。
